För att kunna miljökompensera transporter på järnväg krävs att konkurrerande trafikslag ger upphov till kostnader som inte täcks av tillämpliga skatter eller avgifter, och att dessa icke täckta kostnader är högre än motsvarande kostnader för järnvägstransport. I Sverige gäller detta förhållande vid jämförelse mellan godstransporter på väg och järnväg. Genom att införliva artikel 34 i SERA-direktivet i svensk nationell rätt kan Sverige ge miljökompensation. Införlivandet kan ske i form av en förordning, eftersom regeringen äger rätten att besluta om en sådan åtgärd och de närmare förutsättningarna för dess genomförande. Innan en sådan ordning för miljökompensation får tillämpas måste Sverige emellertid notifiera åtgärden till EU-kommissionen, som har att pröva förenligheten med EU:s statsstödsregler. Att åtgärden omfattas av statsstödsreglerna motiverar enligt Trafikverkets mening att kompensationen fastställs enligt en försiktighetsprincip, dvs. snarare utifrån lägre än högre kostnader där det finns skattade intervall.