Genom Flen går järnvägen (Västra stambanan) som förbinder Stockholm och Göteborg. Järnvägen trafikeras av regionaltåg, fjärrtåg samt godståg. Variaövergången är en plankorsning på Salstagatan/Variagatan som har varit en problempunkt i många år med bristande framkomlighet, tillgänglighet och trafiksäkerhet för de trafikslag som korsar järnvägen. Järnvägen utgör en barriär genom Flen vilket har en direkt påverkan på stadens utveckling och infrastrukturplanering. Söder om järnvägen finns en stor andel bostäder medan det i norr finns målpunkter som till exempel skola, centrumverksamheter och industriverksamheter. Drygt hälften av Flens befolkning bor idag på södra sidan om järnvägen. I dagsläget har Flens tätort två passager över/under järnvägen utöver Variaövergången. De är utformade som en planskild tunnel för gång- och cykeltrafik väster om järnvägsstationen och som en bro mellan norra och södra Kungsgatan. Stadsutvecklingen och ökade trafikflöden i kombination med ökat antal bomfällningar leder till en alltmer ansträngd trafiksituation.